袁世凯死后，北洋集团四分五裂。现在一般习惯上把分裂后的北洋军阀分成皖系、直系、奉系三大派，冯玉祥则归类到直系中去，这种分法其实并不正确。

北洋军阀里的皖系和直系其实主要是根据和段祺瑞的亲疏关系而定。亲近段祺瑞的属于皖系，而和段祺瑞关系不大好的，则划到直系中去。

但是北洋集团内部各军头在不同时期和段祺瑞的关系并不一样，这就造成了一个人时而亲段，时而反段，并不是一概而论。

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比较典型的一个例子就是曹锟，在江苏督军冯国璋拉拢江西督军李纯、湖北督军王占元一起搞长江三督，和段祺瑞唱对台戏时，曹锟一般更支持段祺瑞。而到冯国璋死后，曹锟和段祺瑞矛盾激化，成为了新直系的领袖，并最终击败了段祺瑞。

冯玉祥行伍出身，开始只是一个小兵，到1905年袁世凯受命编练北洋新军时，他还只是个排长。不过冯玉祥勤奋好学，被协统陆建章看中，大力栽培，还把自己的内侄女刘德贞许配给了冯玉祥。

在陆建章的扶持下，冯玉祥到1910年已经官至营长了。辛亥革命时，冯玉祥参加了滦州起义。起义失败以后在陆建章的保护下，冯玉祥只是被解职而已。

1912年陆建章受命筹建左路备补军，又把冯玉祥叫了回来继续当营长。此后随着陆建章一路高升，冯玉祥也是跟着水涨船高，等1914年陆建章出任陕西督军时，冯玉祥也成为第16混成旅的旅长，可谓进步神速。

因此冯玉祥就出身来说是属于陆建章一系。后来冯玉祥被调到四川，而陆建章被陕军击败下野，冯玉祥的部队归属陆军部直辖，才脱离了陆建章的管辖。

在段祺瑞当政期间，因为冯玉祥并非他的嫡系，所以曾经将其免职。然而第16混成旅是冯玉祥一手拉出来的部队，因此段祺瑞即使换了一个旅长，冯玉祥还是能遥控指挥。张勋复辟期间，冯玉祥趁机返回第16混成旅掌握了军权，并主动拥戴段祺瑞讨逆。为了借助冯玉祥的第16混成旅，段祺瑞也只能重新任命冯玉祥为旅长。

而在后来冯国璋和段祺瑞的府院之争时，冯国璋通过陆建章拉拢冯玉祥出面反对段祺瑞的武力统一计划，在武穴通电罢战，这就是民国史上有名的武穴罢兵。此后段祺瑞虽然通过收买张作霖，借助奉军之力压服了冯国璋，枪毙了陆建章，并再次将冯玉祥免职。

但是冯玉祥据不从命，率第16混成旅武力抗拒。奉段祺瑞之命来收拾冯玉祥的曹锟怕事情闹大，从中调停，最后以段祺瑞收回成命，冯玉祥保留原职告终。

从这里看，冯玉祥不属于段祺瑞的皖系，和冯国璋也没什么关系。此时他虽然只是一个小小的旅长，但是已经自成一系。

冯国璋死后，曹锟和段祺瑞矛盾激化。最终曹锟率军北上，挑起了直皖大战。冯玉祥虽然和曹锟一起撤军北上，但是并没有参加直皖大战，而是采取了局外中立的态度。

曹锟击败段祺瑞以后，和张作霖一起控制了北洋政府大权。冯玉祥和其他中立的北洋军阀一样，都名义上隶属了曹锟。并在此后和阎相文一起入陕，击败了皖系军阀陕西督军陈树藩，因功升为第11师师长。阎相文死后，冯玉祥继任陕西督军，成为割据一方的军阀。

在第一次直奉大战爆发以后，冯玉祥支持曹锟，出兵河南击败了支持张作霖的河南督军赵倜，控制了河南。不过曹锟的亲信吴佩孚把河南当做自己的地盘，找机会挤走了冯玉祥，把他调任陆军检阅使的闲职，率军驻守南苑。

由于并非曹锟嫡系出身，因此在陆军检阅使任上冯玉祥受到了很大的排挤，部队军饷也严重不足。最后冯玉祥率部劫了运送军粮的火车，逼得曹锟出面调停，才算把事态缓和下来。

所以冯玉祥虽然一度隶属曹锟，但是双方关系并不密切。冯玉祥因为曹锟势大，所以依附于他，而曹锟则看中了冯玉祥手下的3万大军。双方更多的是互相利用的合作关系。

不过这一时期冯玉祥和曹锟的关系，要比当初和段祺瑞时期密切的多，因此也可以算是曹锟的旁系。

在曹锟手下时，冯玉祥和吴佩孚矛盾不断。最终在段祺瑞的拉拢下，冯玉祥在第二次直奉大战时率军回师，囚禁了曹锟，直系大败。冯玉祥趁机收编败退的直军，所部扩充到了8万人。

而段祺瑞出任临时执政以后，因为手下没兵，张作霖的奉军又大举入关，也有意扶持冯玉祥以制衡张作霖。所以冯玉祥陆续获得了绥远、甘肃等地盘，成为了割据一方的独立势力。